ماشین لرنینگ به سراغ تست های تشخیص ویروس هم رفت اما چگونه؟ پ | آزمایشگاه پارس سیلیکو
ماشین لرنینگ به سراغ تست های تشخیص ویروس هم رفت اما چگونه؟
پژوهشگران روشی اتوماتیک را توسعه داده اند که اثربخشی تست های تشخیص ویروس را پیش بینی کرده و بهترین نوع ممکن را طراحی می کند. همانطور که ظهور بیماری کرونا بسیاری از اولویت ها در جهان پژوهش را تغییر داد، موج امیکرون هم نیاز فوری به آزمایش های تشخیصی را برجسته کرده است که بتوانند حتی در صورت وقوع جهش هم ویروس ها را به دقت تشخیص دهند. حالا دانشمندانی از ام آی تی و هاروارد اولین سیستم کاملا خودکاری را توسعه داده اند که از یادگیری ماشینی برای طراحی تشخیص ویروس ها استفاده می کند. این روش که ADAPT نام دارد به دانشمندان کمک می کند تا تست های تشخیصی بسیار حساسی را ایجاد کنند که می توانند سطوح بسیار پایین ویروس را تشخیص دهند. همچنین بسیار اختصاصی عمل می کنند و فقط ویروس مورد نظر را تشخیص می دهند و نه سایر ویروس ها را. محققان در نشریه ی Nature Biotechnology توضیح داده اند که چگونه از این رویکرد خود برای تست تشخیصی برای 2000 ویروس شناخته شده ی مهره داران از جمله SARS-CoV-2 استفاده کرده اند. طراحی یک تست تشخیص ویروس شامل انتخاب دقیق بهترین مکان ها در DNA یا RNA ویروس برای آزمایش هدف است. این کار تا کنون به طور دستی و بر اساس اصول و قوانین خاصی انجام می شد که نیازمند مقدار زیادی آزمون و خطا بود. روش ADAPT که از الگوریتم های آموزش دیده برای پیش بینی بهترین توالی ها برای تشخیص استفاده می کند، به دانشمندان کمک می کند تا به سرعت تست هایی را طراحی کنند که برای تعداد زیادی از ویروس های مختلف موثر هستند و می توانند همزمان با تکامل ویروس ها به سرعت اصلاح و مقیاس بندی شوند. پردیس ثابتی نویسنده ی ارشد این مطالعه گفته است که هدف ADAPT توسعه ی اقدامات تقابلی است که ویروسی را که در حال حاضر در گردش است، هدف قرار دهد و آماده باشد که پا به پای ویروس در حال تکامل و تغییر حرکت کند. ثابتی همچنین محقق موسسه ی پزشکی هاروارد هیوز، استاد مرکز زیست شناسی سیستم ها و گروه زیست شناسی ارگانیسمی و تکاملی در دانشگاه هاروارد و استاد گروه ایمنولوژی و بیماری های عفونی در دانشکده ی بهداشت عمومی هاروارد تی چان است. همچنین پریا پیلای مهندس نرم افزار تیم یک وبسایت ایجاد کرده است که محققان دیگر می توانند برای هر ویروس شناخته شده ای تست های تشخیصی خاص آن را بیابند یا سیستم ADAPT را بر روی داده های خود اجرا کنند. برای مطالعه ی بیشتر اینجا کلیک کنید. @practicalbioinformatics
اولین آزمایشگاه خصوصی بیوانفورماتیک کشور . . Pars Silico is one of the leading Middle Eastern companies in the field of Chemoinformatics and Bioinformatics. Founde...
