تحصیلات ابتدایی را در مکتب خانه فومن به پایان برد، و پس از آن در همان شهر به تحصیل علوم دینی پرداخت. به هر حال، روح کمال جو و جان تشنه او تاب نیآ ورد و پس از طی دوران مقدماتی تحصیلات دینی در شهر فومن، به سال 1348 ه.ق. هنگامی که تقریباً 14 سال از عمر شریفش می گذشت به عراق مشرّف شد و در کربلای معلّی اقامت گزید.
بنا به گفته یکی از شاگردان نزدیک ایشان، معظّم له خود به مناسبتی فرمودند:« بیش از یک سال از اقامتم در کربلا گذشته بود که مکلّف شدم. »
آری، دست تربیت حضرت ربّ سبحانه هماره بندگان شایسته را از اوان کودکی و نوجوانی تحت نظر جهان بین خود گرفته و فیوضاتش را شامل حال آنان گردانیده و پیوسته می پاید، تا در بزرگی مشعل راهبری راه پویان طریق الی الله را به دستشان بسپارد.
بدین سان، آیت الله بهجت حدود چهار سال در کربلای معلّی می ماند و از فیوضات سید الشهداء علیه السلام استفاده نموده و به تهذیب نفس می پردازد و در طی این مدت بخش معظمی از کتابهای فقه و اصول را در محضر استادان بزرگ آن دیار مطهّر می‌خواند.
در سال 1352ه.ق. برای ادامه تحصیل به نجف اشرف مشرّف می گردد و قسمتهای پایانی سطح را در محضر آیات عظام از آن جمله مرحوم آیت الله آقا شیخ مرتضی طالقانی به پایان می رساند. با این همه، همّت او تنها مصروف علوم دینی نبوده، بلکه عشق به کمالات والای انسانی هماره جان ناآرام او را به جستجوی مردان الهی و اولیاء برجسته وا می داشته است.
یکی از شاگردان آیت الله بهجت می گوید: در سالهای متمادی که در درس ایشان شرکت می جویم هرگز نشنیده ام که جز در موارد نادر درباره خود مطلبی فرموده باشد. از جمله سخنانی که از زبان مبارکش درباره خود فرمود، این است که در ضمن سخنی به مناسبت تجلیل از مقام معنوی استاد خود حضرت آیت الله نائینی(ره) فرمود: « من در ایام نوجانی در نماز جماعت ایشان شرکت می نمودم، و از حالات ایشان چیزهایی را درک می کردم. »
