آزمایشگاه پارس سیلیکو

2022-08-29 12:24:07 سرور پارس MD
شرکت پارس سیلکو با در اختیار داشتن سرور های مبتنی بر GPU و همکاران متخصص شبیه سازی دینامیک مولکولی این امکان را فراهم کرده

تا در سریعترین زمان ممکن، دقیقترین و جامع ترین خدمات شبیه سازی دینامیک مولکولی را در اختیار محققین عزیز قرار دهد.
آدرس دسترسی به وب سرور :

parssilico.com/index.php/services/other-services/md باز کردن / نظر دهید

2022-08-29 12:16:51 دوره طراحی دارو
شهریور ماه
سرفصل‌ ها:

مقدمه اي بر طراحی دارو
آشنایی با انواع روش های طراحی دارو (براساس ساختار،بر اساس لیگاند)
آشنایی با فرمت های مختلف مولکولهای شیمیایی
آشنایی با انواع دیتابیس های دارویی
آشنایی با دیتابیس های ماکرومولکولی
مبانی تئوری داکینگ، اصول غربال گري مجازي
آشنایی و آموزش روش های طراحی و بهینه سازی مولکولی
آشنایی و آموزش openbabel
آموزش بهینه سازی و آماده سازی ماکرو مولکول
آشنایی و آموزش Autodock و Vina
آموزش داکینگ بروی پروتئین
آموزش استخراج و آنالیز نتایج
آموزش نرم‌افزار Molegro و Chimera
آموزش استفاده از PyRx برای غربالگری مجازی
آموزش کار با LIGPLOT+ و Discovery Studio
آموزش غربالگری مجازی فارماکوفوری ساختار محور باZincPharmer
آموزش غربالگری مجازی فارماکوفوری لیگاند محور با PharmaGist
آموزش غربالگری مجازی بر اساس شکل ساختار محور با Pharmit
اطلاعات بیشتر:
09106665590
www.parssilico.com باز کردن / نظر دهید

2022-03-13 22:40:23 ماشین لرنینگ به سراغ تست های تشخیص ویروس هم رفت اما چگونه؟


پژوهشگران روشی اتوماتیک را توسعه داده اند که اثربخشی تست های تشخیص ویروس را پیش بینی کرده و بهترین نوع ممکن را طراحی می کند.
همانطور که ظهور بیماری کرونا بسیاری از اولویت ها در جهان پژوهش را تغییر داد، موج امیکرون هم نیاز فوری به آزمایش های تشخیصی را برجسته کرده است که بتوانند حتی در صورت وقوع جهش هم ویروس ها را به دقت تشخیص دهند. حالا دانشمندانی از ام آی تی و هاروارد اولین سیستم کاملا خودکاری را توسعه داده اند که از یادگیری ماشینی برای طراحی تشخیص ویروس ها استفاده می کند.
این روش که ADAPT نام دارد به دانشمندان کمک می کند تا تست های تشخیصی بسیار حساسی را ایجاد کنند که می توانند سطوح بسیار پایین ویروس را تشخیص دهند. همچنین بسیار اختصاصی عمل می کنند و فقط ویروس مورد نظر را تشخیص می دهند و نه سایر ویروس ها را. محققان در نشریه ی Nature Biotechnology توضیح داده اند که چگونه از این رویکرد خود برای تست تشخیصی برای 2000 ویروس شناخته شده ی مهره داران از جمله SARS-CoV-2 استفاده کرده اند.
طراحی یک تست تشخیص ویروس شامل انتخاب دقیق بهترین مکان ها در DNA یا RNA ویروس برای آزمایش هدف است. این کار تا کنون به طور دستی و بر اساس اصول و قوانین خاصی انجام می شد که نیازمند مقدار زیادی آزمون و خطا بود. روش ADAPT که از الگوریتم های آموزش دیده برای پیش بینی بهترین توالی ها برای تشخیص استفاده می کند، به دانشمندان کمک می کند تا به سرعت تست هایی را طراحی کنند که برای تعداد زیادی از ویروس های مختلف موثر هستند و می توانند همزمان با تکامل ویروس ها به سرعت اصلاح و مقیاس بندی شوند.
پردیس ثابتی نویسنده ی ارشد این مطالعه گفته است که هدف ADAPT توسعه ی اقدامات تقابلی است که ویروسی را که در حال حاضر در گردش است، هدف قرار دهد و آماده باشد که پا به پای ویروس در حال تکامل و تغییر حرکت کند. ثابتی همچنین محقق موسسه ی پزشکی هاروارد هیوز، استاد مرکز زیست شناسی سیستم ها و گروه زیست شناسی ارگانیسمی و تکاملی در دانشگاه هاروارد و استاد گروه ایمنولوژی و بیماری های عفونی در دانشکده ی بهداشت عمومی هاروارد تی چان است.
همچنین پریا پیلای مهندس نرم افزار تیم یک وبسایت ایجاد کرده است که محققان دیگر می توانند برای هر ویروس شناخته شده ای تست های تشخیصی خاص آن را بیابند یا سیستم ADAPT را بر روی داده های خود اجرا کنند.
برای مطالعه ی بیشتر اینجا کلیک کنید.
@practicalbioinformatics باز کردن / نظر دهید

2022-03-03 18:55:20 اپیدمی پنهان
مقاومت به آنتی بیوتیک به نقطه ی بحرانی رسیده و جهان باید هم اکنون اقدام کند.

دو سال قبل CDC یک پیش گویی ناراحت کننده انجام داد: بدون تغییر اساسی در نحوه ی استفاده از آنتی بیوتیک، پاتوژن های مقاوم به دارو که در حال حاضر باعث مرگ 700 هزار نفر در سال می شوند، تا سال 2050 سالانه 10 میلیون قربانی خواهند گرفت.
همچنین در گزارشی که اخیرا در مجله ی The Lancet چاپ شده آمده است که تلفات ناشی از مقاومت آنتی بیوتیکی حتی سریعتر از انتظارات به سوی بدتر شدن می رود.
گزارش پروژه ی گروه پژوهش های جهانی روی مقاومت آنتی بیوتیکی در ماه قبل نشان می دهد که در سال 2019 حدود 1.27 میلیون نفر به طور مستقیم به دلیل مقاومت ضد میکروبی جان خود را از دست داده اند، یعنی اگر عفونت آنها با آنتی بیوتیک های استاندارد درمانپذیر بود، نمی مردند. همچنین مجموع مرگ های ناشی از عفونت مقاوم به دارو به 4.95 میلیون نفر می رسد، به این معنی که آن بیمار دارای عفونت مقاوم به آنتی بیوتیک بوده اما علت اصلی مرگ ممکن است این عفونت نبوده نباشد.
این گزارش از داده های 23 عامل بیماریزا و 88 ترکیب بیماریزا-دارو در 204 کشور در سال 2019 استفاده کرده است. این اعداد جدید به این معناست که مقاومت ضد میکروبی به یکی از علل اصلی مرگ و میرهای جهان بدل شده و از آمار HIV و مالاریا پیشی گرفته است که به ترتیب باعث 864 هزار و 643 هزار مرگ در سال 2019 بوده اند.
این مسئله هم مهم است که تحقیقات HIV سالانه 50 میلیارد دلار بودجه جذب می کند اما هزینه های جهانی برای رسیدگی به مقاومت ضد میکروبی بسیار کمتر از این ارقام است.
در قرن گذشته آنتی بیوتیک ها انقلابی در پزشکی ایجاد کردند و مرگ و میر ناشی از بیماری های عفونی را به طور گسترده ای کاهش داده اند و ایمنی جراحی های بزرگ و میزان درمان تروما را به شدت بهبود بخشیده اند و از زمان کشف آنتی بیوتیک در بیش از یک قرن پیش میانگین طول عمر انسان را بیش از 20 سال افزایش داده اند.


اما استفاده ی بیش از حد از آنتی بیوتیک ها چه در انسان ها و چه در دام ها منجر به سازگاری باکتری ها با داروها می شود و به مرور زمان اثر بخشی آنها کاهش می یابد. اگر سرعت ایجاد این مقاومت متوقف نشود، باید منتظر افزایش مرگ و میر ناشی از عفونت های رایج و عوارض جراحی ها باشیم و به دنیایی باز می گردیم که در آن یک بریدگی جزئی می تواند کشنده باشد. دو راه کاهش سرعت ایجاد مقاومت ضد میکروبی، استفاده ی عاقلانه تر از دارو ها و همچنین توسعه ی کلاس های جدید آنتی بیوتیک هاست.
در واقع مقاومت نتیجه ی اجتناب ناپذیر استفاده از آنتی بیوتیک هاست. بهترین کاری که می توانیم انجام دهیم این است که آن را به تعویق بیندازیم، عواقب آن را کاهش دهیم و برای تولید آنتی بیوتیک های جدیدی که باکتری ها هنوز به آن مقاومت پیدا نکرده اند، زمان بخریم.

برای دیدن متن کامل مقاله که به ارائه ی راهکارهایی در این زمینه می پردازد اینجا کلیک کنید.

@practicalbioinformatics باز کردن / نظر دهید

2022-03-01 21:52:06 نمایی از سلول شبیه سازی شده در دانشگاه ایلینویز در 20 دقیقه ی اول چرخه ی سلولی و واکنش های مربوط به پردازش اطلاعات ژنتیکی
@practicalbioinformatics باز کردن / نظر دهید

2022-02-26 21:49:04 بافت چربی سفید یا بافت چربی قهوه ای؟

یک مقاله ی مروری جذاب در باره ی بافت چربی چند رنگی و آن نوعی که در در مرکز اپیدمی چاقی قرار دارد.
بافت چربی می تواند تا دوبرابر رشد کند و سپس به حالت اولیه برگردد. این مقاله درباره ی نقش های عملکردی بافت چربی سفید و قهوه ای صحبت می کند و اینکه نقش آنها در چاقی چیست. همچنین در مورد نقش مکمل، موثر و فیزیولوژیک آنها در غدد درون ریز اطلاعات بسیار دست اولی را ارائه می کند.
https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMra2032804 باز کردن / نظر دهید

2022-02-25 23:41:29 ارزیابی جامعی از اینکه چرا اثر بخشی واکسن ها در بین افراد مختلف اینقدر متغیر است و تیترهای آنتی بادی تا دو یا سه برابر اختلاف دارند و اینکه چگونه تمرکز بر روی ایمنی ذاتی بجای ایمنی اکتسابی می تواند به ما در رسیدن به یک واکسن جهانی کرونا کمک کند، همه در مقاله درخشان زیر:

https://www.nature.com/articles/s41590-022-01130-4 باز کردن / نظر دهید

2021-08-07 12:51:16 به استحضار می‌رساند، سلسله نشست‌های تخصصی "زیست شناسی: از دانش تا فناوری با چاشنی استارت‌آپ" با حضور جمعی از اساتید، مدیران، دانشجویان، فارغ‌التحصیلان و دانش‌آموزان، با هدف ارتقا‌بخشی سطح آگاهی دانشجویان و دانش آموزان در راستای مشاغل و کسب و کار‌های نوین و دانش‌بنیان در حوزه زیست‌شناسی، علی‌الخصوص گرایش‌های ژنتیک، میکروبیولوژی، بیوتکنولوژی، بیوشیمی و بیوانفورماتیک توسط دفتر کارآفرینی و فناوری موسسه آموزش عالی آل طه در تاریخ ۲ /۶/ ۱۴۰۰ لغایت ۱۷/ ۶/ ۱۴۰۰ برگزار خواهد گردید. باز کردن / نظر دهید

2021-08-06 12:45:16 دوره مجازی پایتون برای زیست شناسی

شروع دوره از شهریور ماه



اطلاعات بیشتر:
۰۹۱۰۶۶۶۵۵۹۰

لینک ثبت نام
http://goo.gl/9ytXkG
آزمایشگاه پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics باز کردن / نظر دهید

2021-08-06 12:39:55 دوره مجازی ایمونوانفورماتیک و طراحی واکسن

(ویروس COVID-19 به عنوان کیس مورد بررسی قرار می گیرد)

شروع دوره از شهریور

سرفصل‌ ها:

• آشنایی یا ایمونوانفورماتیک و بیوانفورماتیک ساختاری پروتئین ها

• آشنایی با پایگاههای داده های اختصاصی و عمومی ایمونوانفورماتیک و بیوانفورماتیک

• شبیه سازی و مدلینگ ساختارهای پروتئینی جهت آنالیزهای ایمونوانفورماتیک

• نحوه استخراج و بهینه سازی پروتئین ها و داکینگ پروتئین-پروتئین

• پیشگویی اپی توپ های سلولT

• پیشگویی اپی توپ های خطی و فضایی سلول B

• طراحی واکسن های پپتیدی (پلی توپی، اپی توپی)

• طراحی واکسن های کایمریک و واکسن های معکوس


اطلاعات بیشتر:
۰۹۱۰۶۶۶۵۵۹۰

لینک ثبت نام

goo.gl/9ytXkG
آزمایشگاه پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics باز کردن / نظر دهید